Formation : Images J inter-plateformes

Traitement et analyse d'image Avec ICY, logiciel gratuit et « Open Source » sur la plate-forme d’Imagerie Cellulaire IBPS

Introduction à la formation

Cette formation est destinée à initier ITAs, chercheurs, doctorants, postdocs au logiciel ICY qui permet l'analyse d'images en Microscopie. ICY est un couteau suisse de l'analyse d'images en microscopie.

Objectifs de la formation 

La formation a pour d'acquérir les bases théoriques et pratiques du traitement d’images avec ICY.

Programme de la formation

Introduction à l'analyse d'image : Rappels sur la capture des images et la notion de bruit dans les images, ouverture numérique, LUT, formats d'images, régions d'intérêts, 2D ou 3D+temps. Prise en main du logiciel : ouvrir et travailler les formats d’images propriétaires issus de microscopes. Segmentation et détection et suivit d'objets biologiques (particules, cellules et organismes): Segmentation, seuillage, détection par ondelettes, contours actif permettant le tracking automatique de cellules en déformation et/ou migration. Quantification en histologie et fluorescence, quels sont les biais de l’observation. Automatisation des tâches sous formes graphiques sans aucune ligne de code.

Atelier pratique avec manipulations, quantifications : Exercices pratiques sur images sélectionnées par les formateurs et amenées par les stagiaires, résolution des problèmes particuliers.